Ο John Gavin Malkovich γεννήθηκε στις 9 Δεκεμβρίου του 1953 στο Illinois και μεγάλωσε στο Benton.

Σκυθρωπός και εσωστρεφής από μικρό παιδί, με τάση για παροξυσμούς υποψιαζόταν από μικρός ότι είναι διαφορετικός από τους συνομηλίκους του. Στην ηλικία τον 7 χρόνων παρακολουθούσε το σήριαλ «Our Town» και πρώτη φορά τότε γοητεύτηκε από τη τέχνη της ηθοποιίας. Πάντως το όνειρό του να γίνει ηθοποιός, έμεινε αδρανές όσο βρίσκονταν στο Γυμνάσιο και επικέντρωσε το ενδιαφέρον του στα σπορ και τη μουσική. Το πάθος του ήταν τόσο μεγάλο που έβαλε στόχο και πέτυχε να χάσει αρκετά κιλά σε 10 εβδομάδες, απλά και μόνο για να παίξει αμυντικός στη τοπική ποδοσφαιρική ομάδα.

Ο Malkovich σπούδασε περιβαλλοντικές επιστήμες στο Πανεπιστήμιο του Illinois. Τα χρόνια εκείνα άρχισε να δείχνει εκ νέου ενδιαφέρον για την ηθοποιία, ξοδεύοντας όλο και περισσότερο χρόνο στο δραματικό τμήμα της σχολής. Δεν πέρασε πολύς καιρός και επέλεξε να πάρει μεταγραφή στο Illinois State όπου είχε καλύτερο δραματικό τμήμα όπου και παρέμεινε μέχρι το 1976. Σαν φοιτητής ήταν περισσότερο ονειροπόλος παρά καλός σπουδαστής. Για να επιβιώσει χρειάστηκε να δοκιμάσει πολλές και περίεργες δουλειές. Το 1976 πείστηκε από ένα φίλο του να παίξει μαζί του στο Σικάγο, όπου ένας γνωστός τους ετοίμαζε μια καινούργια θεατρική ομάδα. Έτσι οι τρεις τους αποτέλεσαν τα ιδρυτικά μέλη του The Steppenwolf Theatre Company. Μετά από σκληρή δουλειά η ομάδα κατάφερε να αναδειχθεί με τη παραγωγή ορόσημο «True West».

Μετά από μερικούς ρόλους στη τηλεόραση που δεν τον εξέφραζαν όσο θα επιθυμούσε, ο Malkovich έκανε το ντεμπούτο του στη μεγάλη οθόνη το 1981 με το «Places in The Heart» όπου και κέρδισε υποψηφιότητα για Oscar. Ένα χρόνο αργότερα πρωταγωνιστεί στο «The Killing Fields» ενώ την ίδια χρονιά παντρεύεται την Glenne Headly. Ακολουθεί μια περίοδος όπου παίρνει μέρος σε μεγάλο αριθμό ταινιών όπως το «Empire of the Sun» (1987), «Miles from Home» (1988), «Queens Logic» (1991), «Alive» (1993). Στις αρχές της δεκαετίας του 90, ο γοητευτικός ηθοποιός, αν και παντρεμένος, άρχισε να βγαίνει με την Michelle Pfeiffer. Η σχέση αυτή έφερε αναστάτωση στη ζωή του και το τελικό αποτέλεσμα ήταν να αφήσει την Pfeiffer, να χωρίσει την Headly και λίγο αργότερα να παντρευτεί Nicolletta Peyran (!).
Παράλληλα συνεχίζει την δημιουργική του πορεία και το 1996 εμφανίζεται σε πέντε ταινίες μεταξύ των οποίων οι «Mulholland Falls», «Mary Reilly» και «Portrait of a Lady». Το 97 τον είδαμε στο «Con Air» και ένα χρόνο αργότερα στα πιο εμπορικά «Man in the Iron Mask» και «Rounders». Είναι από τους λίγους ηθοποιούς που έχει την τύχη να δει το όνομά του στον τίτλο ταινίας, μιας και το 1999 παίζει (μεταξύ άλλων 5 ταινιών) στο επιτυχημένο Being John Malkovich. Τα επόμενα χρόνια ακολουθούν πολλές αξιόλογες εμφανίσεις του σε ταινίες με περιορισμένη απήχηση στο κοινό όπως «Speak Truth to Power» (2000), «Je rentre a la maison» (2001), «Ripley’s Game» (2002), «Hideous Man» (2002) και «Johnny English» (2003). Για το 2004 ο John Malkovich ετοιμάζει άλλες πέντε ταινίες που αναμένονται με ενδιαφέρον: «Colour Me Kubrick», «The Libertine», «The Hitchhiker’s Guide to the Galaxy», «Art School Confidential» και «13 French Street».

Είναι φανερή η τάση του John Malkovich άλλοτε να μας «βομβαρδίζει» με πολλές εμφανίσεις και άλλοτε να ανυπομονούμε να τον συναντήσουμε σε κάποια σκοτεινή αίθουσα. Το βέβαιο είναι ότι συγκαταλέγεται ανάμεσα στους πιο ποιοτικούς και ταυτόχρονα εκκεντρικούς ηθοποιούς. Σίγουρα υπάρχει «κάτι» στον John Malkovich που τον κάνει «καλό» ακόμα και στις κακές επιλογές του. Ίσως είναι ο κυματιστός ήχος της φωνής του, τα μάτια του ή η απόμακρη στάση του. Ότι και αν είναι αυτό θεωρείται από τους πιο γοητευτικούς ηθοποιούς με ταλέντο και με προσωπικότητα.